Depuis septembre 2008, Natureparif s'attache à mettre en oeuvre l'observatoire à travers 3 dispositifs. L'ile-de-France accueille également de nombreux établissements d'excellence comme le Muséum national d'Histoire Naturelle, l'INRA, le Cemagref ou le BRGM, qui disposent d'autres informations relatives à l'inventaire et à la classification des espèces, à la biologie à la nature des sols, à l'histoire des milieux, à la bio archéologie ou à la paléontologie.