À part l’analyse de Constanza et al. (1997), on dispose actuellement d’un ensemble fort disparate d’études en matière d’évaluation économique de la biodiversité. En général, les auteurs se penchent sur un seul type de valeur de la biodiversité, et non pas sur l’ensemble de ses valeurs.

Les chiffres fournis sont variables en fonction des objectifs de l’étude (ex, estimation pour une entreprise ou pour l’ensemble de la société), des hypothèses retenues et des méthodes adoptées. Par exemple, les estimations des consentements à payer des entreprises pharmaceutiques pour un hectare de forêt riche en biodiversité varient de quelques centaines à plusieurs dizaines de milliers de dollars (Aylard et Barbier, 1996, Pearce, 1999).  

Les méthodes d’évaluation monétaire ne peuvent évaluer que partiellement la biodiversité, dans le sens où elles ne prennent en compte qu’une partie de ses valeurs. La biodiversité n’est jamais évaluée dans sa totalité.

Turner et al. (1995) mettent par exemple en évidence le caractère incomplet de toute évaluation monétaire des zones humides, qui ne peut considérer que certaines de ses caractéristiques. Or, les différentes composantes et fonctions d’une zone humide sont indissociables de l’existence de l’ensemble, ce qui rend très difficile l’évaluation agrégée des écosystèmes. Par ailleurs, la fonction support de vie de l’écosystème n’est souvent pas incluse dans les évaluations.

Cette incapacité méthodologique fait qu’il n’existe pratiquement pas d’études sur l’évaluation de la « biodiversité en soi », mais seulement sur certaines ressources spécifiques de la biodiversité. Par exemple, les techniques d’évaluation de la préférence révélée s’appuient sur des comportements réels, mais elles ne permettent pas d’estimer les valeurs de non-usage et sont sensibles aux hypothèses formulées sur les relations entre le bien environnemental et le bien du marché de substitution.

De plus, lorsque ces méthodes ont essayé de construire des marchés hypothétiques, pour les valeurs qui ne s’expriment pas sur les marchés réels, la validité des estimations a été remise en question. C’est le cas par exemple des techniques basées sur la préférence déclarée.