L’évaluation, fondée sur l’information obtenue des individus non informés, a donc un caractère largement arbitraire, qui ne reflète que le niveau d’éducation des répondants (qui influence leurs préférences). C’est ainsi que les espèces charismatiques peuvent être évaluées davantage que les espèces plus petites, voire invisibles, alors que la conservation des premières peut s’avérer impossible sans une attention importante donnée à la préservation des dernières. Focaliser donc son attention (et ses ressources) sur les espèces ainsi « évaluées » n’aboutirait qu’à les faire disparaître…   
 
D’autres biais méthodologiques ont été mis en évidence : le biais de l’interviewer (les individus répondent pour faire plaisir à l’enquêteur), le biais de l’ancrage (les réponses des individus sont influencées par les premiers ordres de grandeurs qui leur sont proposés), l’effet de séquence d’agrégation (le même bien peut recevoir des valeurs très différentes en fonction de son rang dans la liste des composantes de la biodiversité pour lesquelles on demande des évaluations), etc. (Boisvert et Vivien, 1998).
L’efficacité avec laquelle le problème de la perte de biodiversité est traité dépend aussi bien de la distribution des coûts sociaux de cette perte (Barett, 1995) que de l’état des connaissances. La compréhension de la relation entre la diversité fonctionnelle et la résilience fonctionnelle, par exemple, n’est pas seulement importante pour la compréhension de la valeur de la biodiversité, mais aussi pour la distribution des coûts de la perte de biodiversité à une échelle pertinente pour leur mesure. Les techniques monétaires sont mieux adaptées à l’utilisation des ressources bien localisées et bien connues, dans lesquelles les incertitudes et les conflits distributifs ne dominent pas.

En conséquence, le problème principal des évaluations monétaires est celui du poids qu’il faut leur accorder dans des contextes divers, alors que d’autres informations peuvent être disponibles et importantes. Toutes les considérations ci-dessus montrent l’importance du travail interdisciplinaire pour offrir un support efficace aux politiques. Les procédures d’analyse doivent intégrer non seulement des approches conceptuelles et disciplinaires différentes, mais aussi des échelles de temps et d’espace diverses, des significations des changements environnementaux multiples et leurs appréhensions sous formes monétaires et non monétaires.