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Avant de mettre en place un programme d’action, la Région et Natureparif leur proposent de réaliser un diagnostic écologique du territoire. Ce diagnostic permet de mieux connaître la biodiversité du territoire. Cette connaissance doit être intégrée aux documents d’urbanisme, d’une part, et d’autre part, servir de base pour la mise en œuvre de projets d’équipement.

Aujourd’hui, Natureparif est sollicitée par de nombreuses collectivités ou établissements publics pour des conseils et assistance pour la prise en compte de la biodiversité dans leurs pratiques. Un des rôles de Natureparif est de les mettre en lien avec les associations naturalistes et les organismes de recherche, afin de les accompagner dans leurs démarches : amélioration de la connaissance (inventaires, études), meilleure gestion (guides pratiques), actions pédagogiques (expositions, colloques, manifestations diverses).